Khatgal được thành lập vào năm 1727. Đến năm 1910, một khu định cư nhỏ đã hình thành, chủ yếu thông qua thương mại với Nga. Năm 1914, một kết nối điện báo được thiết lập từ thị trấn biên giới Nga Mondy đến Uliastai qua Khatgal, và vào năm 1921, khoảng 150 người định cư Nga đã sống ở đây.

Trong cùng năm đó, Khatgal trở thành một trung tâm hành chính trong khu vực. Năm 1931, nó trở thành tỉnh lị của tỉnh Khövsgöl mới thành lập, nhưng ngay sau đó vào năm 1933, tỉnh lị chuyển đến Mörön.

Thị trấn có khoảng 7000 cư dân và một nhà máy điện vào năm 1990, nhưng việc cạn kiệt các tuyến giao thông và đóng cửa một nhà máy len địa phương đã dẫn đến tỷ lệ di cư cao, chỉ còn lại 3.756 người trong năm 1994 và 2.498 người trong cuộc điều tra dân số năm 2000. Ước tính dân số chính thức mới nhất là 2.796 (ngày 31 tháng 12 năm 2006 ). Khatgal cũng mất vị thế là một thành phố và hiện là một phần của sum Alag-Erdene. Năm 2007, Khatgal được kết nối với lưới điện trung tâm của Mông Cổ và các dịch vụ điện thoại di động.

Thành viên của Đại Khural Quốc gia và cựu bộ trưởng y tế Lamjavyn Gündalai được sinh ra ở Khatgal.